El debate en la Cámara alta se extendió por diez horas.  La bancada oficialista aportó 40 votos afirmativos para avanzar con la iniciativa, que recibió varias modificaciones luego de tres semanas de debate.

Principales puntos de la Ley de Organización y Competencia de la Justicia Federal:

1) Se unifican los fueros Criminal y Correccional Federal y Nacional en lo Penal Económico, ambos de la Ciudad de Buenos Aires, bajo la denominación de fuero Penal Federal con asiento en la Ciudad Autónoma de Buenos Aires.

2) Se crean 23 Juzgados en lo Penal Federal con asiento en CABA, que pasarán a identificarse con los números 24 a 46.

3) Se transfiere la totalidad de la competencia penal no federal a la Ciudad de Buenos Aires.

4) Los actuales ocho Tribunales Orales en lo Criminal Federal con asiento en CABA conservarán su numeración (del 1 al 8) y los cuatro Tribunales Orales Nacionales en lo Penal Económico con asiento en CABA pasarán a identificarse con la numeración continuada, del nueve al doce.

5) Se crean cinco Tribunales Orales en lo Penal Federal con asiento en CABA, que serán integrados por tres miembros y una secretaría cada uno.

6) La Cámara Nacional de Apelaciones en lo Criminal y Correccional Federal y la Cámara Nacional de Apelaciones en lo Penal Económico de la Capital Federal pasarán a formar una única Cámara denominada Cámara de Apelaciones en lo Penal Federal con asiento en CABA.

7) Los sorteos de causas deberán ser grabados mediante medios técnicos, para garantizar la transparencia de éstos, bajo apercibimiento de nulidad.

8) Se crean Juzgados Federales de Primera Instancia con asiento en las provincias y sus respectivos cargos de jueces, para lograr equidad en el sistema federal de justicia, y se crean nuevas Cámaras de Apelaciones, al igual que defensorías oficiales y cargos de fiscales, quienes tendrán un rol fundamental en el nuevo sistema acusatorio.

9) Se trasladará una secretaría de cada uno de los actuales Juzgados en lo Criminal y Correccional Federal y en lo Penal Económico, denominados en adelante, Juzgados en lo Penal Federal 1 a 23, con sus respectivas dotaciones, a los Juzgados en lo PenalFederal 24 a 46 al momento de su habilitación.

10) Con un cambio de último momento, se modificó el artículo sobre las reglas para los jueces que quedó redactado de la siguiente manera: remarca la obligación de «comunicar en forma inmediata al Consejo de la Magistratura cualquier intento de influencia indebida, en sus decisiones por parte personas, grupos de poder, miembros del Poder Judicial, Ejecutivo o Legislativo, amistades o grupos de presión de cualquier índole, y solicitar las medidas necesarias para su resguardo. La influencia indebida no requerirá contenido económico para configurarse».